Na Tóquio de amanhã, o corpo aprimorado tecnologicamente de uma jovem hacker mercenária é invadido por um armamento memético senciente.
Philippe McKie
Junky (as Arisa Hanzawa)
Hunter
Mach1
Em um futuro distante, o cyberdoutor Daisuke Ido encontra uma cyborg (Gally) em frangalhos em uma pilha de sucata. Ele a leva até sua casa e a reconstrói, a criando como filha. Gally não lembra seu passado, mas logo descobre que possui grandes habilidades marciais e se torna uma caçadora de recompensas, acabando por conhecer Yugo, um garoto pobre que tem o impossível sonho de ir para Zalem, uma cidade satélite que flutua sobre a Cidade de Sucata. Percebendo que o sonho de Yugo só poderia acabar em tragédia, Gally tentará ajuda-lo.
Thomas Anderson, um jovem programador de computador que mora em um cubículo escuro, é atormentado por estranhos pesadelos nos quais encontra-se conectado por cabos e contra sua vontade, em um imenso sistema de computadores do futuro. Em todas essas ocasiões, acorda gritando no exato momento em que os eletrodos estão para penetrar em seu cérebro. À medida que o sonho se repete, Anderson começa a ter dúvidas sobre a realidade. Por meio do encontro com os misteriosos Morpheus e Trinity, Thomas descobre que é, assim como outras pessoas, vítima da Matrix, um sistema inteligente e artificial que manipula a mente das pessoas, criando a ilusão de um mundo real enquanto usa os cérebros e corpos dos indivíduos para produzir energia. Morpheus, entretanto, está convencido de que Thomas é Neo, o aguardado messias capaz de enfrentar a Matrix e conduzir as pessoas de volta à realidade e à liberdade.
Após derrotar as máquinas em seu combate inicial, Neo ainda vive na Nabucodonosor ao lado de Morpheus, Trinity e Link, o novo tripulante da nave. As máquinas estão realizando uma grande ofensiva contra Zion, onde 250 mil delas escavam rumo à cidade e podem alcançá-la em poucos dias. A Nabucodonosor é convocada para retornar a Zion e participar da reunião que definirá o contra-ataque para salvar a humanidade da extinção. Entretanto, um recado enviado pelo Oráculo faz com que Neo retorne à Matrix.
Após enfrentar os sentinelas no mundo real, Neo tem sua mente presa em um local que fica entre a Matrix e a realidade, do qual apenas poderá sair com a ajuda de Trainman. Após perceberem que as ondas cerebrais de Neo são idênticas as de uma pessoa conectada à Matrix, Trinity e Morpheus buscam a ajuda da Oráculo e Seraph. Trinity, Morpheus e Seraph vão em busca de Merovingian, que possui controle sobre Trainman e pode libertar Neo. Após obterem sucesso no resgate, o trio se divide em duas missões: Enquanto Morpheus e a tripulação de duas naves parte rumo a Zion, na tentativa de ajudar no combate contra as máquinas, Neo e Trinity se dirigem à Cidadela das Máquinas.
Os primeiros dias de Deunan e seu parceiro ciborgue num mundo desolador devastado pela terceira Guerra Mundial onde procuram a cidade de Olympus. História de Masamune Shirow, também responsável pelas sagas Ghost in the Shell e Blood: The Last Vampire.
No terceiro milênio, o mundo mudou. O clima, as nações, tudo entrou em revolta e o planeta se transformou em um deserto insalubre e desolado, conhecido como "A Terra Maldita". Milhões de pessoas habitavam as escassas megacidades, onde bandos errantes e selvagens urbanos geravam tamanha violência que o sistema judiciário não podia controlá-los. A lei como conhecemos entrou em colapso. Da decadência surgiu uma nova ordem, uma sociedade regida por uma nova força de elite da polícia, que atua como juiz, júri e carrasco, que são conhecidos como "Os Juízes". Dredd, o mais lendário dos juízes, é vítima de um plano que o incrimina como assassino e acaba banindo-o da cidade onde vive.
Num futuro não muito distante, "Avalon" é um viciante jogo de realidade virtual que oferece generosas recompensas financeiras, bem como uma tentadora e arriscada fuga à realidade esbatida do dia-a-dia.